Legendiniai laivai buvo aukščiausias iššūkis originalioje versijoje ir sugrįžta stipresni žaidime Assassin’s Creed Black Flag Resynced, su naujomis gudrybėmis, aiškesnėmis fazėmis ir didesne žala. Jų yra keturi, jie atsiranda po to, kai sunaikinate tvirtoves savo regionuose: El Impoluto (Dry Tortuga); HMS Fearless & Royal Sovereign (Eleuthera); La Dama Negra (Serranilla); ir HMS Prince (Nevassa). Jie yra itin įžūlūs ir reikalauja beveik arba visiškai patobulinto Jackdaw. Siekite geriausių šarvų, šoninių patrankų ir sukamųjų patrankų bei pramušimo rago — žr. Ultimate Ship Plans, kai kurie iš jų yra paslėpti už lobio žemėlapių. Įdarbinkite tris naujus jūrų pareigūnus prieš imdamiesi jų: Padre (gaunamas iš A Second Chance po Sequence 4: This Old Cove) leidžia jums įsibėgėti ir panaudoti pramušimo ragą, suteikiant papildomo greičio ir žalos, o Lucy Baldwin atrakina A Proper Shipwright po Sequence 4: This Old Cove. Atlygis buvo pakeistas, o legendiniai laivai dabar atsinaujina, todėl su jais galite kovoti dar kartą.